轩辕虽然继任人皇，实际上却并没有太大的威慑力，也没有让人信服的功绩，当然崆峒印的认主确实让那些以人族至宝为信念的人族奉为先条，可是轩辕之后的表现实在是差强人意，一回到部落，轩辕就给其他所有的族长下诏，让他们带着族人迁移到有熊部落附近，那些族人当然心中不怨，可是想到轩辕是广成子门下，或许另有深意也未可知，所以还是有近三分之一的部落迁移而去，三分之一的持反对意见，还有三分之一持观望态度，那些反对的人称不论是伏羲圣皇之时还是神农圣皇之时从来没有下令如此大动干戈，况且人皇当以人族生活美好为重点，不应该一己私欲而如此大伤劳力，他们纷纷来信询问理由，并申述自己反对的意见，在继任人皇之时大大憋了一口气的轩辕对此只是冷冷的回应道：现在的人皇不是伏羲，也不是神农，而是我轩辕，既然你们尊我为人皇，就应该尊我号令，若是不从，那就休怪本皇不顾同为人族的情面！轩辕这番回应顿时让那些持观望态度的部落心中一颤，想到轩辕背后是广成子，广成子背后是原始圣人，这样一来，若是不从，等于是与仙人对抗，这可是大大的不妙，所以此事之后，那三分之一的部落也都安安静静的迁移了，不过速度却很慢，或许是期待着什么奇迹吧。而最后的三分之一则是心中大怒，对于轩辕的狂妄大大反感，纷纷去寻炎帝，尊炎帝为共主，炎帝对此自然乐见，还发表声明说轩辕人皇之位不过是巧取豪夺，哪里遵从过族人的意见，以他意见，当从新选一次，免得耽误人族发展，对此轩辕只是冷笑，没有做出丝毫的回应，炎帝以为自己站在大义上，轩辕无可反驳，心中不免更加自傲，对于轩辕也是不在理会，不过也是暗暗训练士兵，准备将来夺回人皇之位。
在轩辕与炎帝都没有注意到时，处于蛮荒之中的九黎部落开始大肆征讨，不过征讨的都是九黎附近的巫人部落，而规模不是太大，所以炎帝与轩辕都没有过多注意。这一日，在蚩尤的带领下，九黎部落连续打下三个部落，此时的蛮荒已经只剩下一个部落，那就是九黎，只见蚩尤骑坐在一只猛虎之上，手中握着一把血淋淋的宝刀，若是有人细看，定然可以发现此刀竟然就是引发祝融共工两大祖巫大战的吴刀，不过此时的吴刀与当时大不相同，不说那刀身之上黑色的鲜血印记，就是那刀柄之处的一双狼头，以及狼头附近的那些诡异的符号就让人欲要迷失其中，蚩尤一个弟兄吼道：蚩尤大哥，我们此时已经统一了蛮荒，下一步是不是就是入主中原，统一人族，成就人皇啊！蚩尤淡淡扫了他一眼，扬了扬手中的刀，看到那刀柄之处的符号时，眼神闪了一下，‘哼！人皇哪里是那么好当的，此事有仙道的人参与，我们若是贸然出手，必遭厄难，虽然我们也有人族血脉，但是那些圣人也必然会派门下弟子出手的，所以此时还要等一下，等炎帝还有轩辕分出胜负，伤了元气之时，才是最佳时刻，而且我们还缺了些帮手，待我去北俱芦洲一趟，此次成败，就看这一行了！’说完，蚩尤骑着猛虎而去，行至半路，那猛虎突然癫狂起来，大怒的蚩尤用手中宝刀从猛虎天灵插入，拔出之后，那猛虎之魂被抽出，炼入刀中，日后被蚩尤命名为虎魄刀！
蚩尤去往祖巫殿，恳请刑天，相柳，九凤相助，可是三人无心插手，还劝蚩尤不要太过执着，巫族的时代已经过去了，让他不要无谓争斗，否则生死难料。只是执拗的蚩尤还不放弃，苦苦劝说，三人还是不理，蚩尤负气离去，之后刑天偷偷溜出祖巫殿，把巫妖大战剩余的十二杆小幡交给蚩尤，还告诉他两个大神的处所，之后叹息离去。
轩辕准备了五六年之后，率先动手，带着麾下人马杀向炎帝，炎帝此时也准备齐全，与轩辕一战，虽然轩辕人马较为精良，可是此战还是延续了近三年，才结束，结束之际，轩辕带着人把炎帝围起，对炎帝说只要他尊他为人皇，可以放他一马，虽然身为阶下囚，可是炎帝还是大怒之下自尽而死，虽然此战轩辕获胜，可是也伤了元气，正待休整之后，讨伐蚩尤，边境传来信息蚩尤已经杀过来，而且沿途打下好几个部落，那些部落因为为轩辕所摄，纷纷卖力阻挡蚩尤，大怒的蚩尤不知真的怒不可竭，还是别有用心，但凡阻挡部落，全部血洗而去，似乎蚩尤要的不是统一人族，而是把人族就此抹杀殆尽。
消息传回轩辕之处，轩辕也是一惊，随后就冷笑道：嘿嘿！原本那些对我有些成见的部落现在也唯有归附我一途了吧，蚩尤啊蚩尤，你可真是帮了我大忙啊！炎帝部落败亡之后，还有些残余势力，原本还抱着投靠蚩尤，替炎帝报仇心思，可是这么一来，唯有投降轩辕，轩辕对此来者不拒，顿时人族部落空前统一，团结一致，对抗巫人部落，只是他们也好，轩辕也好，他们都小看了九黎部落，都小看了蚩尤。
初一交战，九黎部落战士都是驭兽而战，打了轩辕一个措手不及，而且交战之后，战场就被一团黑雾笼罩，顿时九黎部落把轩辕士兵杀得人仰马翻，嘶嚎不止，蚩尤更是一马当先，手持虎魄刀杀向轩辕，虽然轩辕有金仙道行，可是有哪里挡得住大巫血脉觉醒的蚩尤，仅仅一下，就把轩辕震得吐血，若非关键时刻崆峒印飞出护住他，这一下能要了他的命，之后他就顶着崆峒印，任由蚩尤大骂，蚩尤冷笑道：轩辕，你不是自称天命在身吧，你不是人皇吗，怎么顶个乌龟壳不敢出手啊！哈哈哈哈！蚩尤的嘲笑让轩辕心中憋屈不止，原本他都开始瞻望战胜蚩尤之后的胜景了，可是此次一战打击了他的信心，给他泼了一盆凉水。