但仍有少数移民，因为贪图一时之快，将村落建到了辽北草原深处，以致遭受了大队马贼袭击。而附近县城的军队来援不及，导致移民伤亡惨重。尤其是在扶余城以东八十里处的一个村落，全村三百多人被高丽人斩杀大半，活下来的全是年轻貌美的女人，还大多被强奸。

这件事大大震怒了负责此处治安的尉迟敬德，在找到那行凶的高丽马贼藏身之处后，他下令将该处所有的高丽人全部屠戮干净，并将人头叠成“京观”以震撼附近的马贼。

对于尉迟敬德的报复，宇文明并没有认为他做得过份，反而认为本该如此。

而那处被屠的村落，则被他下令将现场保护了起来，让各郡和各村的百姓均派代表去现场参观，让他们明白当兵保卫家园的重要性。

经宇文明在军队待遇和现实危机的双重刺激下，汉族移民报名参军的热情十分高涨。几乎是能拿得动武器的男人都要求参军，甚至不少年轻女子也要求向红袖夫人学习，入伍当女兵。这让宇文明有些措手不及，考虑自己是不是做得太过火了。

于是，他不得不再次出面向百姓们解释，称他们种田，为军队提供粮食，当工匠，为军队制造战船和武器，海边晒盐，捕鱼经商，皆是为自己的新家园作贡献，和当兵一样伟大。才算勉强将辽东过于热火的当兵潮平息下去。

经过一段时间的磨合和适应后，辽东的日常生活终于走上了正轨。宇文明也对自己属下的幕僚官员们进行了重新任命，算是正式开府设衙了。

辽东行营最高军政长官自然就是宇文明这位有着辽东侯头衔的行营元帅了，他总揽辽东军政事务。

行政方面，辽东州知府由杜如晦担任，负责收税、建设、丈量、统计、贸易等民生事务，在杜如晦下面，还设有扶余、青木、黑石、平壤、新罗、百济六个郡的郡守及更低一级的县令，负责各地地方上的具体事宜。

此外，宇文明将行政和审判彻底分开。知府、郡守、县令皆不管民间纠纷，百姓若要打官司，则需要找另外的官员。县里是找县丞，郡里是找长史。并在辽东州则设通判一职，负责指导和督促审判，以免有冤假错案或百姓有冤无处申的情况发生。

辽东通判则由魏征担任。他是辽东行营建立时的第一批官员，在移民中威信也很高。辽东的民事诉讼及官司皆由他负责指导审理，同时他还负有对下属六个郡的长史审理的官司进行二审诉讼审理。

这二审诉讼是个新鲜事务，当宇文明提出来时，魏征和很多人皆认为这是多此一举。如果百姓对判决不服，不如直接向宇文明反映就是了。但宇文明却深知二审诉讼的合理性。

因为他既不是专业的判官，也没那么多时间接待百姓。与其让百姓到自己这里来告状，不如让他们到郡里找长史来负责处理。

而德高望众，处事公正的魏征自然责无旁贷地成为了辽东衙门的通判。按照新的制度。各县县丞负责普通官司，六个郡的长史负责二审官司。而辽东通判则负责制定法律、指导审判工作，并承担同时涉及到军队官兵和地方官员百姓之间的官司纠纷审判。

军事方面，宇文明决定将辽东现有的正规军分为游奕、踏白、选锋、胜捷、破敌、青龙、白虎、朱雀、玄武九军。

其中，朱雀军只有一万人，且全是女子，由自己的夫人李秀宁统率。这支军队主要作用是担任仪仗队，平时一般不上阵迎敌。遇到战时则转为医护兵，分散到各军进行受伤战士的救护。

而另外八军则是正规军了。按照宇文明的任命。八军的主将任命如下：

游奕军的主将为林子墨，踏白军主将为程咬金、选锋军的主将为尉迟敬德、胜捷军的主将为秦琼、破敌军的主将为罗士信、青龙军的主将为李剑、白虎军的主将为张昕宇。玄武军的主将为田浩。

这里面，李剑、张昕宇、田浩三人分别是林子墨、郭子逸和尉迟敬德的副将，对宇文明一直忠心耿耿，经过这么多年的战斗后，他们的指挥作战能力也得到了极大提高。所以宇文明便决定将他们提拔到主将位置，让中下级军官和新兵们也能看到升迁的希望。

而在军队里，宇文明还专门成立了一个武器研究所，由虬髯客张仲坚任所长，负责武器装备的研发和改进。他可十分清楚，隋军能战胜这些马背上长大的草原民族，靠的就是装备的精良，不然以步兵打骑兵，几乎没有半点优势。

除此之外，宇文明还单独设置了辽东水师，由才加入军队的前隋军水师某战舰舰长周强当水师统制。而他的弟弟则当上了辽东造船厂的厂长，负责建造战舰。而现在，无论是辽东水师还是辽东造船厂，都是才刚刚起步，尚未形成战斗力。这个决定也得到了大家的拥护，周涛和周强兄弟这段时间和军队的将领混得很熟，虽然他们在辽东军的资历是低了点。但水师原本就没几个人，造船厂更是只搭了一个架子。而周涛和周强兄弟对人很耿直，又给程咬金、罗士信等人描绘了美好的蓝图。让他们也十分期待水师能尽快成军，载着他们登陆到敌军背后作战。